Качество питьевой воды, подаваемой населению Севастополя, отмечено как низкое. Основными причинами этого названы: отсутствие водоочистки, понижающей общую жесткость питьевой воды Северной стороны города; высокая изношенность водопроводов и разводящих сетей, приводящая к вторичному загрязнению воды; недостаток специализированных санитарно-технических служб; отсутствие плановых капитальных ремонтов системы водоснабжения.
В системе водоотведения одной из основных проблем остаётся решение вопроса по строительству канализационных очистных сооружений № 1 «Южные» с полной биологической очисткой и канализование Балаклавы для ликвидации сброса в море недостаточно очищенных и неочищенных стоков.
В 2015 году гидрохимический мониторинг акватории Севастопольской бухты проводился весной. В целом содержание определяемых показателей не превышало допустимых норм, за исключением нефтепродуктов, концентрация которых превысила допустимый уровень в шесть раз.