«Метрострой» состоит из 18 специализированных организаций. В 2011 году чистая прибыль компании составила почти полмиллиарда рублей.
В 2014 году «Метрострой» взялся за возведение трех новых станций Фрунзенского радиуса метрополитена Петербурга общей стоимостью около 26 миллиардов рублей – «Проспект Славы», «Дунайский проспект» и «Южная».
В марте 2016 года в офисы «Метростроя» пришли с обыском сотрудники ФСБ, СМИ сообщили, что предметом интереса силовиков могли быть обстоятельства исполнения контрактов по строительству продолжения двух линий петербургского метро. Еще через месяц, в апреле 2016 следователи возбудили уголовное дело по факту невыплаты работникам «Метроспецстроя» зарплаты общей суммой свыше 80 миллионов рублей. В октябре 2016 года арестовали за мошенничество главу одного из субподрядчиков компании, «Петростроя». В 2017-м — главу субподрядчика «СМУ-11 Метрострой».
Серьезные проблемы у «Метростроя» начались в сентябре 2018 года, когда Смольный потребовал от компании миллиард за срыв сроков и более 1000 недоделок на станциях «Новокрестовская» и «Беговая», которые строили к ЧМ-2018. Затем стало известно, что «Метрострой» срывает сроки по оранжевой, фиолетовой и коричневой веткам метро.
Зарплату рабочим с августа 2018 года «Метрострой» вновь перестал платить, и 26 декабря строители метро в Санкт-Петербурге провели акцию протеста из-за невыплаты заработной платы. Около 30 рабочих объявили голодовку, оставшись на рабочих местах после окончания смены. Акция протеста завершилась спустя несколько часов только после того, как ситуацию с выплатами взял под личный контроль тогда врио губернатора Санкт-Петербурга Александр Беглов. На следующий день, 27 декабря, вице-губернатор Петербурга Николай Бондаренко заявил, что у компании «Метрострой» в сумме накопилось долгов различным организациям в размере 23 млрд рублей.
В начале 2019 года межрайонная инспекция ФНС России №1 по Санкт-Петербургу попыталась обанкротить ОАО «Метрострой», в ответ на что компания сама подала два иска к правительству Петербурга на 1,1 млрд рублей и 849 млн рублей. В конце января этого года Смольный расторг 3 из 4 контрактов на строительство метро, сохранив действующий договор только на строительство Красносельско-Калининской линии. 28 января стало известно, что «Метрострой» получил еще шесть исков за один день, от Водоканала Санкт-Петербурга и четырех частных компаний на общую сумму более 20 млн рублей.
К 1 февраля 2019 года, однако, Смольный и «Метрострой» примирились, и вице-губернатор Эдуард Батанов сообщил, что компания достроит станции метро «Проспект Славы», «Дунайская» и «Шушары» фиолетовой линии. После этого заявления Александр Беглов принял решение отозвать уведомление о расторжении контрактов, при условии, что «Метрострой» в течение 10 дней рассчитается с долгами.
Хотя 4 февраля Дирекция транспортного строительства Санкт-Петербурга отказалась от иска к компании в размере 46 млн рублей за «неосновательное обогащение», уже через 2 дня, 6 февраля «Метрострой» насобирал снова за сутки еще шесть новых исков на сумму более 15 млн рублей. Одновременно с этим вскрылись сомнительные подробности о завышении реальных объемов работ и деньгах, ушедших в банке «Невастройинвест», который принадлежит Николаю Александрову, генеральному директору «Метростроя». Доходило до курьезов: исходя из отчетных документов было выявлено, что субподрядчик очищал ряд объектов от снега и льда не только зимой, но и летом.
Февраль 2019 года прошел под знаком конфликта компании с ФНС, который завершился мировым соглашением, «Метрострой» обязался за 36 месяцев выплатить 999,1 млн рублей.
Передохнуть удалось недолго: в начале марта внеплановая проверка, проводимая государственной инспекция труда, девяти дочерних или зависимых от «Метростроя» компаний, выявила 250 млн рублей задолженности по заработной плате. Общий убыток компании за 2018 год составил 58 млн рублей. 5 апреля «СМУ-11 Метрострой», строившее станции метро «Дунайская» и «Театральная», признано банкротом.
Еще одна попытка обанкротить компанию была предпринята в июне 2019 года, но Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области оставил без рассмотрения заявление компании «Ариэль Металл». Уже 15 июля суд принял очередной иск «Метростроя» к Смольному на 8 миллиардов рублей за уже построенные станции.
5 сентября 2019 года три новые станции Фрунзенского радиуса, начатые в 2014 году, наконец, открылись.
26 сентября 2019 года суд не дал ход взаимным финансовым претензиям Смольного и «Метростроя» по уже построенным станциям.