На момент ареста, в июле 2014 года, Сергей Никонов являлся кандидатом в депутаты Заксобрания и действующим депутатом Севастопольского горсовета VI созыва, секретарем постоянной комиссии по вопросам охраны природной окружающей среды, экологической безопасности и чрезвычайных ситуаций, председателем общественной организации «Севастопольский народный контроль», главой Федерации биллиардного спорта в Севастополе. С апреля 2014 года – член Совета регионального отделения Всероссийской политической партии «Справедливая Россия», депутат Законодательного собрания.
Бывший депутат обвиняется в совершении пяти эпизодов мошенничества с причинением значительного ущерба гражданам в крупном размере. Когда заводили первое уголовное дело, Никонов еще являлся депутатом и имел особый статус. Поэтому им лично занимался руководитель следственного управления СК России по г. Севастополю.
По материалам следствия, в феврале 2013 года к народному избраннику обратился предприниматель с просьбой оказать содействие в оформлении документов на размещение торговых павильонов в Гагаринском районе. Депутат взял за услугу 10 тысяч долларов США и пообещал помочь бизнесмену. «Помогал» депутат людям, по данным следствия, пять раз на общую сумму около миллиона рублей.
Говорят, что после ареста Сергея Никонова желающие дать обвинительные показания в его адрес выстроились в очередь. Доказательств у правоохранителей достаточно, чтобы передать уголовное дело прокурору с последующей передачей в суд.