Начиная с этой ночи, налеты на город и корабли продолжались почти ежесуточно. Одна из сброшенных тогда немецкими самолетами мин, имевшая почти тонну взрывчатки, была поднята со дна Камышовой бухты уже в наши дни, спустя 63 года и, кстати, пополнила число погибших.
Уже в первые дни войны эскадра Черноморского флота начала активные наступательные боевые действия: 26 июня ударная группа из пяти боевых кораблей нанесла мощный удар по румынскому порту Констанца. Через этот город немцы вывозили румынскую нефть — главный источник топлива фашистской армии. В бою Черноморский флот понес первую большую потерю: подорвался на мине и затонул лидер эсминцев «Москва», а лидер «Харьков» был поврежден, и только благодаря мужеству его экипажа смог вернуться в Севастополь.
В городе, как и накануне Первой обороны, не существовало сухопутной оборонительной линии. Помня о горьких уроках Крымской войны и интервенции в Гражданскую, еще с июля в Севастополе силами горожан, армии и флота началось строительство укреплений для защиты города с суши. Было создано, хотя и не до конца, два рубежа обороны: внешний, длиной 35 км и тыловой, проходивший в 2-3 км от города, длиной 19 км. Завершить строительство третьего оборонительного рубежа, пролегавшего от Балаклавы до Качи, не удалось: ко времени появления передовых частей врага были созданы лишь отдельные опорные пункты.
Благодаря созданию еще в конце 19 века мощной системы подземных сооружений и коммуникаций, под землю спускались заводы, госпитали, склады, казармы, даже школы и кинотеатры. В штольнях Ново-Троицкой балки был оборудован спецкомбинат № 1. Весь период обороны он выпускал для защитников города минометы, мины, гранаты, противотанковые ежи, печурки для землянок и т.п. В штольнях Инкермана работал спецкомбинат № 2. В нем женщины шили для бойцов теплую одежду, белье, обувь.
В середине сентября 1941 года тяжелые бои развернулись на севере полуострова. На помощь наспех сформированной в Крыму 51-й армии была переброшена Приморская армия, державшая оборону Одессы, но спасти положение ей не удалось. К этому времени противник прорвал Ишуньские позиции — последний рубеж обороны на севере Крыма — и устремился к Севастополю, пытаясь с ходу захватить город.
В приказе генерала Эриха фон Манштейна, командующего 11-й немецкой армией, которая вела наступление, говорилось коротко: «Севастополь — крепость слабая... Взять маршем, коротким ударом».
Гитлеровский генерал не думал, что у стен крепости ему придется вести ожесточенные бои целых восемь месяцев! Позднее в одном из приказов ему придется признать, что Севастополь — «первоклассная крепость».
С 29 октября в городе было введено осадное положение, а уже на следующий день, в 16 часов 35 минут, пятьдесят четвертая батарея войск береговой обороны ЧФ под командованием лейтенанта Заики открыла огонь по врагу, наступавшему в направлении Николаевки. С этого момента началась Вторая Оборона Севастополя.
Осада Севастополя продолжалась два года. Немцы штурмовали город раз за разом. Здесь не было тыла. Почти каждый день вражеские самолеты бомбили город, по жилым кварталам била тяжелая артиллерия, кроша дома.
Но город продолжал жить и бороться. По его улицам в дни затишья бегал трамвайчик, на пустырях и во дворах женщины и дети выращивали лук и редиску, в подземных школах учились и сдавали экзамены дети, бесперебойно работали подземные комбинаты, город по-прежнему был опрятным, в меру чистым.
О том, как тяжело приходилось защитникам Севастополя, можно судить по свидетельству французского военного историка генерала Шассена, который отмечал, что «за последние двадцать дней боев немецкая артиллерия выпустила на Севастополь 30 тысяч снарядов, авиация сбросила 125 тысяч тяжелых бомб. Это почти столько, сколько сбросил английский воздушный флот к тому времени на Германию с начала войны».
К лету 1942 года город пылал. Горело все, что могло гореть. Тушить пожары было нечем да и некому. Обескровленный Севастополь держался из последних сил, его защитники не имели возможности ни продолжать борьбу, ни отступать. Судьба города была предрешена. Однако вопрос эвакуации войск верховным командованием не решался.
12 июня, в разгар ожесточенных боев, в Севастополе была получена телеграмма Сталина, в которой он, поставив в пример для всей Красной Армии и советского народа героическую борьбу защитников Севастополя, выразил свою уверенность, что они «с достоинством и честью выполнят свой долг перед Родиной». Свой долг они выполнили.
В ночь на 1 июля 1942 году поступило распоряжение Ставки об оставлении Севастополя и эвакуации войск. Но это было формальное решение: защитники Севастополя были брошены на произвол судьбы, а по сути отданы в руки врага. На берегу у Херсонесского мыса были притиснуты к морю десятки тысяч бойцов и командиров, без боеприпасов, медикаментов, продовольствия, воды. Они мужественно держались еще несколько суток, пока не исчезли последние силы и надежда на эвакуацию. К вечеру 3 июля 1942 года организованная оборона прекратилась....
«Да, об эвакуации войск, конечно, следовало подумать нам», — признал после войны бывший нарком Военно-морского флота СССР, адмирал флота Кузнецов в книге воспоминаний «Курсом к победе». Не подумали. Почему? «Обстановка тех дней на фронте требовала драться в Севастополе до последней возможности, а не думать об эвакуации».
Эвакуироваться удалось немногим — главным образом, это было начальство. По утверждению военного историка Ванеева, более 78 тысяч защитников Севастополя попали в плен.
Ночью отдельные группы шли на прорыв в надежде прорваться в горы, к партизанам, но заслон врага был очень плотным. Это о них писал Манштейн в своих мемуарах: «Плотной массой, поддерживая отдельных солдат под руки, чтобы никто не мог отстать, бросались они на наши линии... Само собой разумеется, что потери при таких попытках прорваться были чрезвычайно высоки».
Почти два года фашистской оккупации стали черным периодом истории Севастополя. В первые же дни фашистами было расстреляно более 3,5 тысяч мирных жителей, укрывавшихся в Инкерманских штольнях и в Троицком железнодорожном тоннеле. 12 июля, когда на окраине севастопольской земли еще продолжались бои, 1500 мирных горожан было согнано на стадион, а затем вывезено на 5-й километр Балаклавского шоссе и там расстреляно. 1 сентября 1942 года оккупанты отметили расстрелом группы подростков во дворе школы № 25 на ул. Пушкина.
Сотнями увозили людей на работы в Германию: только в течение лета 1943 года в рабство из Севастополя было угнано 36 тысяч человек.
Советские военнопленные, оказавшиеся в оккупированном Севастополе, подвергались чудовищным издевательствам и пыткам: их забивали до смерти шомполами, морили голодом, закапывали живыми в землю. В лагерях военнопленных систематически проводились массовые расстрелы. Раненых советских солдат и офицеров, доставленных из Керчи, фашисты погрузили на баржу, которую отвели от берега и подожгли. Заживо сгорело более 1000 человек. Это чудовищное варварство было повторено еще несколько раз.
Всего за 22 месяца оккупации в Севастополе было расстреляно, сожжено, утоплено в море 27306 человек. В фашистскую Германию угнали 45000 человек.
Но и захваченный врагом Севастополь не сдался. Как и во всем Крыму, здесь во время оккупации была создана и активно работала подпольная организация, которая доставила множество неприятностей немцам.
Севастополь был освобожден 9 мая 1944 года, ровно за год до победы над Германией. Если оборона Севастополя длилась 250 дней, то освобождение заняло всего неделю. 5 мая в результате мощнейшего наступления были прорваны немецкие укрепления у Мекензиевых гор, а 7 мая штурмом взята Сапун-гора.
Через 58 часов, к концу дня 9 мая, город был освобожден. Немцы отступали к мысу Херсонес. Это был их Судный путь: под Севастополем в мае 1944 года враг потерял более 20 тыс. человек убитыми и 24 тысячи — пленными.
К 12 мая наступила развязка; война в Крыму закончилась. Советскому Союзу предстояло довершить свою великую победу, а полностью разрушенному Севастополю, население которого сократилось до 3000 человек, надо было снова все начинать с нуля.
22 июня, в память о начале Великой Отечественной войны, на территории России приспускаются государственные флаги, отменяются развлекательные мероприятия и передачи, зажигаются свечи и возлагаются цветы к мемориалам, во всех храмах Русской православной церкви совершаются заупокойные богослужения.