Соглашение позволит Минэкономики осуществлять контроль за исполнителями мероприятий ФЦП. Например, «ежемесячно, не позднее 10-го числа» они должны будут представлять в ведомство отчет о сроках выполнения мероприятий, предусмотренных планом, который утвердил в конце 2015 года курирующий Крым и Севастополь вице-премьер Дмитрий Козак. В случае срыва сроков отчеты в ведомство должны направляться «каждый четверг с детальным обоснованием причин нарушения и мер, принятых для их ликвидации».
Проект не предполагает ответственности Минэкономики по заключаемым властями Крыма и Севастополя госконтрактам в рамках ФЦП. Для руководства крымских субъектов, напротив, она описана довольно подробно. За нарушение сроков реализации программ власти полуострова будут отвечать согласно приложению N6 к ФЦП. В нем говорится, что если руководство двух субъектов «не соблюдает условий предоставления субсидий» (они выделяются центром на реализацию программ ФЦП), их перечисление прекращается. А в случае если крымские власти не представят в срок отчетность — придется уже платить неустойку «в виде пени в размере 0,1% стоимости контракта, но не более 300 000 рублей за каждый день просрочки и за каждый не представленный в срок отчет». Если же они попытаются ввести федеральное ведомство в заблуждение и представят недостоверные сведения (завышенные более чем на 10%) об объеме выполненных работ в рамках ФЦП, то придется заплатить уже пени в размере 0,2% от стоимости госконтракта. Размер выплат будет определять суд.