Ранее Алексей Забатурин работал на должности начальника Отдела по Юго-Западному административному округу Управления ФСБ по городу Москве и Московской области.
В октябре 2015 года он был назначен заместителем председателя Комитета по противодействию коррупции Республики Крым.